viernes, 15 de mayo de 2009

Paper 3!!!


Novel Type IV Secretion System Involved in Propagation of Genomic Islands

Mario Juhas, Derrick W. Crook, Ioanna D. Dimopoulou, Gerton Lunter, Rosalind M. Harding,David J. P. Ferguson, and Derek W. Hood (2007). J. Bacteriol.

Un laboratorio de la Universidad de Oxford estudió el sistema de secreción tipo IV (T4SS) mediante la transferencia horizontal de genes, contribuyendo así con la plasticidad del genoma, la evolución de patógenos infecciosos, la diseminación de resistencia a antibióticos y otros factores de virulencia. Ellos identificaron el gen ICEHin1056 como un T4SS en la bacteria Haemophilus influenzae que está envuelto en la propagación de la isla genómica. Dicen estos científicos que este sistema de secreción tipo IV encontrado es nuevo y revolucionariamente distante de los sistemas tipo IV descritos anteriormente. Un análisis de mutaciones mostró que la inactivación de genes clave en este sistema resulta en la perdida de factores fenotípicos en el sistema. En el laboratorio se realizaron varias mutaciones y siete de diez mutaciones no expresaron el pili del sistema de secreción tipo IV. Correspondientemente, las interrupciones de los genes resultaron en más de 100,000 reducciones del doblamiento en la frecuencia de conjugación comparada a la hebra parental. Por otra parte, la expresión de este sistema fue encontrada para ser regulada positivamente por uno de sus componentes, el gene tfc24. Finalmente los investigadores concluyeron que este grupo de genes representa una familia nueva de T4SS implicado en la propagación de las islas genómica.


Segundo Paper...

Integrons in Xanthomonas: A source of species genome diversity

Michael R. Gillings, Marita P. HolleyH. W. Stokes y Andrew J. Holmes

Los integrones se han conocido por darle resistencia antibiotica a bacterias clinicas. Ellos capturan genes usando una integrasa. Los integrones pueden ocurrir en los cromosomasde muchas bacterias notablemente en la bera y y-proteobacteria. En los xanthomas los integrones fueron encontrados en las 32 cepas. Su localizacion del cromosoma fue por el gen dehydratase IlvD esto sugiriendo que un integron fue presentado anteriormente en los xanthomonad ancestrales. Tambien se encontro que en los cassetes no tenian similitud en otros pathovars. La adquisiocion de cassetes dicersos de diferentes linajes de Xantomonas ha contribuidos a la diversidad de este genero. Tambien se utilizo el DNA ribosomal pra analisar las diferentes identidades de Xanthomonads. Dando de conclusion que los integrones se utilizaron en este genero de planta como metodo de evolucion para tener el genero y las cepas que tenemos hoy en dia.

source original: http://www.pnas.org/content/102/12/4419.full

jueves, 14 de mayo de 2009

Microbial Friends!! 2009

Nosotros somo los Microbial Friends!!! 2009!!!!!!!!!

Felicidades a todos y gracias por ver nuestro blog....



miércoles, 13 de mayo de 2009

Las Nuevas Perspectivas de Producción de Hidrógeno Mediante Algas


La fotosíntesis produce el alimento que comemos y el oxígeno que respiramos. ¿Podría también ayudarnos a satisfacer nuestras necesidades futuras de energía con la producción de un combustible limpio, el hidrógeno? Unos investigadores que estudian un alga unicelular productora de hidrógeno, la Chlamydomonas reinhardtii, han desvelado una vía anteriormente desconocida de fermentación, que podría abrir nuevas posibilidades de aumentar la producción de hidrógeno.

La C. reinhardtii, una habitante muy común de los suelos, produce de forma natural pequeñas cantidades de hidrógeno cuando se la priva del oxígeno.

Como la levadura y otros microbios, bajo condiciones anaerobias, esta alga genera su energía a partir de la fermentación. Durante la misma, se libera el hidrógeno a través de la acción de una enzima llamada hidrogenasa, que se energiza mediante electrones generados por la descomposición de compuestos orgánicos o bien por la del agua a través de la fotosíntesis. Normalmente, sólo una pequeña fracción de los electrones interviene en la generación de hidrógeno. Sin embargo, uno de los objetivos más importantes de la labor de investigación en este campo ha sido el desarrollo de mecanismos que incrementen esta fracción, lo que aumentaría la producción potencial de hidrógeno.

En el nuevo estudio, los investigadores del Departamento de Biología Vegetal del Instituto Carnegie, el Laboratorio Nacional de Energía Renovable (NREL), y la Escuela de Minas de Colorado (CSM), examinaron los procesos metabólicos de una cepa mutante que no era capaz de formar la hidrogenasa de forma activa.

Los científicos ignoraban que esta vía de fermentación metabólica existía en las algas hasta que generaron la cepa mutante.

Este descubrimiento sugiere que existe una flexibilidad significativa en la forma en que las algas verdes terrestres pueden metabolizar el carbono bajo condiciones anaerobias. Bloquear o modificar algunos de estos procesos metabólicos permitiría a los investigadores aumentar la cantidad de electrones cedidos a la hidrogenasa bajo condiciones anaerobias y producir altos niveles de hidrógeno.

Siendo una fuente de energía potencialmente capaz de sustituir a los combustibles fósiles, el hidrógeno puede reducir en gran medida la emisión de gases con efecto invernadero. Los defensores de la producción de hidrógeno a partir de las algas señalan que, a diferencia del etanol producido a partir de cultivos agrícolas, su método no implicaría entrar en competencia con la producción de alimentos, ya que no necesita las tierras agrícolas usadas por los cultivos alimenticios.

Los científicos ignoraban que esta vía de fermentación metabólica existía en las algas hasta que generaron la cepa mutante.

Este descubrimiento sugiere que existe una flexibilidad significativa en la forma en que las algas verdes terrestres pueden metabolizar el carbono bajo condiciones anaerobias. Bloquear o modificar algunos de estos procesos metabólicos permitiría a los investigadores aumentar la cantidad de electrones cedidos a la hidrogenasa bajo condiciones anaerobias y producir altos niveles de hidrógeno.

Siendo una fuente de energía potencialmente capaz de sustituir a los combustibles fósiles, el hidrógeno puede reducir en gran medida la emisión de gases con efecto invernadero. Los defensores de la producción de hidrógeno a partir de las algas señalan que, a diferencia del etanol producido a partir de cultivos agrícolas, su método no implicaría entrar en competencia con la producción de alimentos, ya que no necesita las tierras agrícolas usadas por los cultivos alimenticios.



source original: http://www.amazings.com/ciencia/noticias/080509c.html


Abstracts!!!!!

Primer abstract:

Phan, M. 2009.Variation in Salmonella enterica Serovar Typhi IncHI1 Plasmids during the Global Spread of Resistant Typhoid Fever.
Antimicrob Agents Chemother. 53:2.

Un laboratorio en Londres estudió la resistencia a sulfonamida en Escherichia coli. La resistencia a sulfonamida es prevalente en Escherichia coli a pesar que se ha disminuido el uso de este antibiótico. Caracterizaron dos plásmidos que tenían el gen sul2 el cual permite resistencia a sulfonamida. Entre los 33 plásmidos conjugativos y los 5 plásmidos no conjugativos que tienian el gen sul2 fue común encontrar resistencia a otros antibióticos como ampicilina, estreptomicina u trimetroprim, además de genes de resistencia a mercurio. El potencial de virulencia encontrado en los genes iutA y traT se encontraba en un cuarto de los plásmidos. Las secuencias que contenían el gen sul2 eran diversas lo que sugiría varios mecanismos de movilidad genética. Ellos proponen que la persistencia de este gen a pesar de el uso disminuido de este antibiótico se deba a una coseleccion debido a los antibióticos todavía en uso y que no presenta ninguna carga para la bacteria continuarlo teniendo.

Nuevo Método Para Producir Proteínas Utiles


Un nuevo metodo desarollado por ingenieros en la Universidad de Cornell, permitirá la obtención de proteínas para uso medicinal o industrial, sin tener que emplear células vivas. Muchas de esas proteínas no pueden producirse mediante la biotecnología convencional. Actualmente se utilizan bacterias modificadas genéticamente o células mamíferas también adaptadas que producen proteínas para uso farmacéutico, como la insulina o la hormona humana del crecimiento. Pero hay muchas proteínas que las bacterias o las células de otros organismos no pueden tolerar. Los productos antimicrobianos, por ejemplo, podrían matar a las bacterias que los producen, y muchas proteínas cruciales para regular la vida normal de una célula, podrían matar al organismo productor si son producidas en cantidades excesivas.

En trabajos anteriores, se ha intentado mezclar el ADN que codifica la proteína deseada, con los aminoácidos que la componen, junto con los ribosomas (las estructuras celulares que ensamblan las proteínas) y otros coadyuvantes químicos en un tubo de ensayo. El proceso sobre el que han trabajado los especialistas de la Universidad Cornell es más rápido y eficiente, al colocar el ADN codificador en un gel artificial hecho de ADN sintético.

source principal: http://www.amazings.com/ciencia/noticias/060509b.html

Lo Que Pueden Desvelar Sobre Cambios Climáticos las Bacterias Atrapadas en el Hielo



Unos científicos del Instituto de Investigación de la Meseta tibetan han comprobado que las bacterias atrapadas en el hielo pueden dar informacion de como estan cambiando nuestro clima.
Los expertos encontraron que la abundancia bacteriana, con su valor mínimo en 1938 y el máximo en 1997, aumentó de acuerdo con los niveles de oxígeno-18, un isótopo natural y estable de oxígeno conocido por estar bien correlacionado con la temperatura. Normalmente, la concentración de oxígeno-18 en el hielo sube en los años más calurosos.

Las bacterias también aumentaron con los niveles de polvo en el núcleo, según descubrieron los científicos al medir los niveles de calcio en las capas polvorientas visibles. El polvo probablemente fue transportado al glaciar durante la temporada primaveral de tormentas de polvo, quedando luego atrapado.

source principal : http://www.amazings.com/ciencia/noticias/060209c.html

lunes, 11 de mayo de 2009

Metilotrofos

Los metilotrofos son microorganismos que utilizan C como fuente de energia para metabolizar sus procesos de energia para esto utilizan dos rutas metabolicas para llevar a cabo sus procesos y estos dos rutas son la de seria y el ciclo de ribosa monofosfato aqui le mostramos la presentacion hecha con el fin de llevar la informacion de metilotrofos.








Aqui esta el documento en version escrita:


http://docs.google.com/Doc?id=dgzfxt63_8np56kthc


Revision de Literatura Cientifica....

Articulo 1:Characterisation and application of glycanases secreted by Aspergillus terreus CCMI 498 and Trichoderma viride CCMI 84 for enzymatic deinking of mixed office wastepaper

Abstract:Two enzymatic extracts obtained from xylan-grown Aspergillus terreus CCMI 498 and cellulose-grown Trichoderma viride CCMI 84 were characterised for different glycanase activities. Both strains produce extracellular endoxylanase and endoglucanase enzymes. The enzymes optimal activity was found in the temperature range of 45–60 °C. Endoglucanase systems show identical activity profiles towards temperature, regardless of the strain and inducing substrate. Conversely, the endoxylanases produced by both strains showed maximal activity at different pH values (from 4.5 to 5.5), being the more acidic xylanase produced by T. viride grown on cellulose. The endoglucanase activities have an optimum pH at 4.5–5.0. The endoxylanase and endoglucanase activities exhibited high stability at 50 °C and pH 5.0. Mannanase, β-xylosidase, and amylase activities were also found, being the first two activities only present for T. viride extract. These two enzymatic extracts were used for mixed office wastepaper (MOW) deinking. When the enzymatic extract from T. viride was used, a further increase of 24% in ink removal was obtained by comparison with the control. Both enzymes contributed to the improvement of the paper strength properties and the obtained results clearly indicate that the effective use of enzymes for deinking can also contribute to the pulp and paper properties improvement.


Referencia:

S. Marquesa, H. Palab, L. Alvesa, M. T. Amaral-Collaçoa, F. M. Gamab and F. M. Gírio

a. Unidade de Fisiologia Microbiana e Bioprocessos, Departamento de Biotecnologia, INETI, Estrada do Paço do Lumiar 22, 1649-038, Lisbon, Portugal

b. Centro de Engenharia Biológica-IBQF, Universidade do Minho, Largo do Paço, 4719, Braga, Portugal

Received 21 December 2001;
revised 5 June 2002;
accepted 22 July 2002.
Available online 14 November 2002.

Article 2:Involvement of granulysin-producing T-cells in the development of superficial microbial folliculitis.

Abstract:
Granulysin is a recently identified antimicrobial protein expressed by cytotoxic T cells, NK cells and NKT cells. It is shown that granulysin contributes to defense mechanism against mycobacterial infection. Superficial microbial folliculitis is a common skin disease. In a previous report we could show, that as a first line of defense, alpha-defensin (human neutrophil peptides) and beta-defensin (human beta-defensin-2) were expressed in infiltrating neutrophils and lesional epidermal keratinocytes respectively in superficial folliculitis. As we also observed many infiltrating lymphocytes in lesional dermis, we hypothesized that infiltrating lymphocytes may possess antimicrobial substances such as granulysin and play a role in defense mechanism as a second line of defense. Seven specimens of superficial microbial folliculitis diagnosed clinically and histologically were examined by means of immunohistochemistry. To identify the phenotype of cells expressing granulysin, laser confocal microscopic examination was performed. Dense lymphoid cell infiltration was observed in pustules and perivascular regions. A large number of these lymphoid cells were positive for granulysin. The phenotype of cells consisted of CD3+T cells, CD8+T cells and UCHL-1+ T cells. CD20+ cells and CD56+cells were not observed. Laser confocal laser microscopic examination showed that the lymphocytes producing granulysin were CD3+, CD4+ T cells but not CD8+ T cells. We showed that many granulysin-bearing T cells infiltrated into affected follicles and perilesional dermis in superficial microbial folliculitis. However, few granulysin positve lymphoid cells were observed in sterile pustular lesions. Our observation indicated that adaptive immunity such as granulysin, lymphocyte-produced antimicrobial protein may play an important role in cutaneous defense mechanism.

reference:

Oono, Morizane,Yamasaki,Shirafuji,Akiyama,Iwatsuki, K.1
Journal of Investigative Dermatology; Nov2004, Vol. 123 Issue 5, pA87-A97, 11p

Articulo 3: Arsenic and Selenium in Microbial Metabolism.

Abstract: Arsenic and selenium are readily metabolized by prokaryotes, participating in a full range of metabolic functions including assimilation, methylation, detoxification, and anaerobic respiration. Arsenic speciation and mobility is affected by microbes through oxidation/reduction reactions as part of resistance and respiratory processes. A robust arsenic cycle has been demonstrated in diverse environments. Respiratory arsenate reductases, arsenic methyltransferases, and new components in arsenic resistance have been recently described. The requirement for selenium stems primarily from its incorporation into selenocysteine and its function in selenoenzymes. Selenium oxyanions can serve as an electron acceptor in anaerobic respiration, forming distinct nanoparticles of elemental selenium that may be enriched in 76Se. The biogenesis of selenoproteins has been elucidated, and selenium methyltransferases and a respiratory selenate reductase have also been described. This review highlights recent advances in ecology, biochemistry, and molecular biology and provides a prelude to the impact of genomics studies.

Reference:
Stolz, John F.1 stolz@duq.edu, Basu, Partha2 basu@duq.edu, Santini, Joanne M.3 j.santini@ucl.ac.uk, Oremland, Ronald S.4 roremlan@usgs.gov
Annual Review of Microbiology; 2006, Vol. 60 Issue 1, p107-130, 24pvances in ecology, biochemistry, and molecular biology and provides a prelude to the impact of genomics studies.


“Juro, en mi honor que no he incurrido en actos de deshonestidad académica en la preparación del trabajo que hoy someto.”

Presentacion de Microorganismo raro

miércoles, 29 de abril de 2009

ThE IncOnveNienT TrUTht!!!! y global warming...



El planeta tierra es nuestro hogar; es el único planeta que conocemos capaz de sustentarnos. Si algo le pasa todos pereceremos. El calentamiento global por emisiones de dióxido de carbono y otros gases es un problema extremadamente serio y ya comenzamos a ver sus efectos negativos. Los polos se están derritiendo. La escasez de agua en algunas regiones del mundo es un contraste drástico con los problemas de inundaciones en otros. En su documental, Al Gore intenta crear conciencia de la situación actual y hace un llamado al cambio. Se encarga de presentarnos las consecuencias del calentamiento global a través de estadísticas, fotos y videos.

Nos dice que la parte más vulnerable de nuestro sistema ecológico es la atmosfera por ser una capa muy delgada, pero esta se está haciendo más gruesa por la contaminación. El problema con esto es que los rayos del sol que llegan como radiación a la tierra para calentarla se están reteniendo por el grosor de la atmosfera. Estos rayos que tratar de salir de la atmosfera, lo hacen en forma de ondas infrarrojas y al ser retenidas en la atmosfera crean gases de invernadero que aumentan la temperatura de la tierra. Este calentamiento de la tierra ha provocado que el casquete glacial haya disminuido su grosor 40% en 40 años, esto ha sucedido porque el 90% de los rayos que entran a la atmosfera son absorbidos por el agua y esto provoca el calentamiento de la misma. Según datos del Dr. Los 10 años más calientes en la historia de la tierra han sucedido en los últimos 14 años siendo el año 2005 el más caliente. Esto ha provocado que en lugares donde normalmente la lluvia era escasa haya comenzado a llover concurridamente y que en lugares donde la lluvia era constante haya una sequía extrema.

Algunos de los problemas ecológicos que han incrementado a causa del calentamiento global señalados en la película de suma preocupación incluyen el blanquecimiento de los arrecifes de coral, el incremento en vectores de enfermedades, la fusión de los glaciares ocasionando liberación de CO2 al ambiente y el resurgimiento de nuevas enfermedades y cepas resistentes a antibióticos.

El calentamiento global ha ocasionado un aumento en la temperatura promedio de la superficie de la Tierra. Por lo que una gran cantidad de hielo que se ha perdido de los polos. Cada día las especies que viven en esas partes del mundo se ven más y más afectadas, ya que sus hogares se están derritiendo. A causa de la fusión de porciones del hielo polar, el nivel del mar sufrió un alza de 4-8 pulgadas durante el pasado siglo, y se estima que habrá de continuar aumentando. Esa agua dulce, que entra a los océanos y mares afecta los niveles de pH y cantidad de agua. Esa agua tiene que encontrar un lugar, por lo cual las costas están siendo invadidas por agua.

La dificultad que esto ha traído en términos de los microorganismos que existen en las diferentes partes del mundo es que se han tenido que mutar para hacerse resistentes a estas nuevas condiciones. Además de que han surgido 30 enfermedades en los últimos 4 siglos, o sea en los últimos 40 años, lo que está acorde con los años en los que el calentamiento global ha ido incrementando. Algunas de esta nuevas enfermedades que han aparecido son Ebola, Arena virus, SARS, E. coli O157:H7, Lyme dusease, Legionnaires, Vibrio cholera O-139, Nipah virus y la forma resistente de tuberculosis. Asimismo han reaparecido enfermedades que estaban bajo un aparente control como: Gripe aviar y Virus del Nilo Occidental. Esta aparición de microorganismo pone como reflejo los cambios severos que están ocurriendo en el mundo, dando paso a que se creen ambientes adecuados para el desarrollo de organismos no antes visto y que a lo mejor existieron en el inicio de la tierra hace millones de años cuando las concentraciones de CO2 eran muy altas.

Además la película presenta innumerables soluciones, las cuales son necesarias para poder tener un mañana mejor, guiar menos, apagar las plumas cuando no las estemos utilizando, utilizar aparatos que sean eficientes, apagar las luces y computadores cuando no las estemos utilizando y comprar automóviles que consuman menos gasolina. Si todos comenzamos a sembrar árboles, a buscar alternativas de energía renovables, a comprar autos híbridos, a usar más la bicicleta o caminar, a cambiar los focos de la casa, reciclar, entre otras cosas podremos disminuir el calentamiento global y ayudar a que nuestros hijos tengan un planeta más saludable para vivir. Todo es necesario para poder cambiar el pronóstico. Este cambio no es imposible, solo toma unos pequeños cambios en nuestro diario vivir.


El documental ayuda al público a conocer la realidad del calentamiento global. También, permite conocer cómo hacer cambios pequeños que pueden hacer una gran diferencia si todos nos damos la mano. El cambio no ocurrirá de la noche a la mañana, pero ya muchos países se han comprometido en hacer la diferencia, lo cual es una esperanza para este mundo.

lunes, 13 de abril de 2009

jueves, 9 de abril de 2009

Clave DicóToma (Microbial Friends)

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miércoles, 8 de abril de 2009

MIcrobial Joke !!!!!

TaXoNoMIa y 1era PresentaCiOn....

Esta presentacion fue la primera que hicimos como equipo y la misma trata sobre un ejercicio de Taxonomia dado por el profesor Carlos Rios...para ver cuan creativos y para asi conocernos mejor....


Taxonomia F. microbiana

Clasificacion.......


foto cortesia: http://genome.jgi-psf.org/draft_GEBA/halbo/halbo.home.html

En el mes de Enero estubimos discutiendo y analizando diferentes criterios de evaluacion que se pueden utilizar para clasificar un microorganismo. Para esto el Profesor Rios nos proveyo un paper del Dr. Rafael Montalvo en la cual por primera vez se aislo un microorganismo en las salinas de Cabo Rojo, Puerto Rico que no se habia conocido ni identificado anteriormente. Fue una esperiencia bastante enriquecedora ya que nos dimos cuenta con cuantos mecanismos contamos para identificar diferentes microorganismos.


Les adjunto el trabajo original para que lo puedan visualizar:

http://docs.google.com/Doc?id=dgzfxt63_6vdvzb3fq


att

Microbial Friends!!!!

martes, 7 de abril de 2009

Wonders of Microbiology!!!

ReFLeXiON....



La integridad académica es una parte esencial en el desarrollo de los individuos como estudiantes, profesionales y personas. Dado a las circunstancias que en nuestro diario vivir estamos sujetos a situaciones en la que se ponen en juicio nuestra integridad, es necesario reflexionar sobre nuestra capacidad de tomar decisiones éticamente apropiadas. En nuestra sociedad tan competitiva nos vemos en la necesidad de sobresalir sobre nuestros compañeros de estudio y de trabajo por lo cual ,cualquier ventaja es una opción muy tentadora, pero no existe mayor satisfacción que haber logrado nuestras metas a través de su propio esfuerzo y méritos. Al contrario de aquellos que obtienen sus logros a cuesta de los demás sin adquirir conocimiento propio.

En la vida diaria como individuos tenemos la obligación de seguir el camino correcto para servir de ejemplo a los demás y a las futuras generaciones, además como deber hacia nosotros mismos. A su vez, estamos mejorando la calidad de vida de nuestra sociedad creando confianza en la institución universitaria y en los profesionales. También estamos promoviendo el desarrollo humano hacia un individuo que toma en consideración, no sólo su propio interés, sino aquel de su sociedad.

Estamos de acuerdo con los puntos éticos establecidos en los artículos de la Universidad de Maryland, Universidad de CUNY y La Pontificia Universidad Católica de Chile. Consideramos que el auto plagio es un punto debatible del artículo. Como equipo razonamos que un trabajo propio puede ser utilizado como referencia o guía para trabajos futuros. Debido a que la utilización de este nos permite construir sobre conocimiento previamente adquirido y mejorarlo. Por lo cual, lo consideramos éticamente aceptable desde este punto. Sin embargo, si se utiliza idénticamente entonces si incurre en un acto incorrecto.

Reconocemos que se obtiene el éxito no en base a una calificación, sino por lo que podemos aportar con nuestra vocación y como nos desarrollamos integrándonos a nuestra sociedad. Estamos de acuerdo con el código de honor presentado en los artículos y es NUESTRO COMPROMISO que este se cumplirá a cabalidad en este curso y tambien en nuestros cursos subsiguientes lo que nos permitirá desarrollarnos como individuos estudiantes y profesionales de calidad.

Quienes somos???



Microbial Friends viene como parte de un requisito de la clase de fisiologia microbiana, nuestro grupo se compone de:

JoSeLYn RodrIguez
FrANchesCa GonzaLEZ
JoSe TOrreS
RoCiO SiBeRIo
ChArdMary RoSarIo
LynEttE GoNzaLez
LaUra FeItO

EsPeRo que aprendan mucho sobre las
MARAVILLAS de la MicrobioLogia....